BFerry mengoperasikan jaringan pelayaran strategis di perairan Selat Malaka serta perairan kepulauan Sunda Kecil di Indonesia.
1. Rute Internasional (Indonesia ↔ Malaysia)
- Kukup Johor ↔ Tanjung Balai Karimun: Rute penyeberangan tercepat menghubungkan Semenanjung Malaysia bagian selatan dengan pulau Karimun. Waktu tempuh: ± 60 - 75 menit.
- Kukup Johor ↔ Selatpanjang (Riau): Jalur maritim menghubungkan Johor langsung ke pusat kepulauan Meranti. Waktu tempuh: ± 150 menit.
- Puteri Harbour Johor ↔ Gold Coast Bengkong Batam: Jalur premium yang menghubungkan destinasi hiburan Puteri Harbour dengan pulau Batam.
2. Rute Domestik Wisata (Bali & Lombok)
- Padangbai Bali ↔ Gili Trawangan & Lombok: Penyeberangan kapal cepat populer untuk wisatawan backpacker dan liburan pulau.
- Sanur Bali ↔ Nusa Penida: Jalur cepat wisata ikonik tebing dan pantai eksotis Nusa Penida.
